Поиск последовательности LTR семейства HERV-K PDF Печать E-mail

Среди частичной УАС-клонотеки хромосомы человека 7р проведен поиск и локализация последовательностей длинных концевых повторов (LTR) эндогенных ретровирусов семейства HERV-K (HML-2), а также анализ их возможной функциональной значимости.

Известно, что в геноме человека до 4,5% ДНК составляют последовательности эндогенных ретровирусов. Имеются данные об участии HERV в регуляции генов, в процессах клеточной дифференцировки, иммунного ответа, злокачественного перерождения и патологии некоторых аутоиммунных заболеваний. Одно из наиболее многочисленных семейств — HERV-K (HML-2) — представлено в геноме не только ретровирус-подобными элементами, но и большим количеством одиночных концевых повторов — LTR. Интерес к этим последовательностям помимо их эволюционной значимости (Sverdlov, 2000) обусловлен тем, что они содержат набор регуляторных элементов: энхансер, промотор, сигнал полиаденилирования, участок связывания стероидных гормонов, — это позволяет предполагать потенциальную способность LTR модулировать активность генов. Действительно, все больше фактов свидетельствует об участии LTR в регуляции и экспрессии расположенных рядом генов.

Для поиска HERV-K LTR YAC-клоны короткого плеча хромосомы 7 гибридизовали с HERV-K LTR-зондом и анализировали ПЦР-методом с праймерами, гомологичными 5 — и 3- концевым областям HERV-K LTR: амплификация ДНК 3 из 76 YAC (22-19, 22-55, 24-13) давала ПЦР-продукт, размер которого соответствует полной протяженности одиночного HERV-K LTR (около 900 п.н.). YAC-клоны, содержащие эти полноразмерные HERV-K LTR, локализовали на хромосоме 7 человека методом FISH. Результаты локализации представлены на идеограмме хромосомы 7.

Данные о распространении копий HERV-K LTR по геному свидетельствуют о том, что некоторые хромосомы человека обогащены HERV-K LTR-последовательностями, а другие содержат умеренное или малое их число. Изучение распределения HERV-K LTR на хромосомах человека 19, 21 и 22 обнаружило, что на хромосоме 19 локализованы 72 одиночных полноразмерных HERV-K LTR в 70 млн п.н., которые расположены достаточно равномерно (Vinogradova et al., 1997), а на близких по размеру хромосомах 21 и 22 только 15 и 13 соответственно. Нами локализованы три полноразмерных HERV-K LTR в клонотеке, содержащей 12 млн п.н. короткого плеча хромосомы 7, что согласуется с представлением о неравномерности распределения LTR в разных хромосомах генома. При этом распределение имеет тенденцию следовать за плотностью генов.

Эти факты свидетельствуют в пользу предположения о преимущественной интеграции эндогенных ретровирусов в транскрипционно активные области генома. Транскрипция в клетках нормальной ткани всех трех LTR-содержащих фрагментов из клонотеки короткого плеча хромосомы 7 также согласуется с таким представлением.

Самые свежие политические новости россии будут незаменимыми при любой научной деятельности, особенно для врача-генетика.

Познавательные статьи о генетике:

1) Биологическая роль полового размножения

2) Мужские и женские особи, соотношения