Нуклеотидная последовательность HERV-K LTR PDF Печать E-mail

Последовательности HERV-K LTR и фланкирующих их участков ДНК в составе клонов YAC22-19, YAC22-55, YAC24-13 были определены методом ПЦР-супрессии. На основании анализа характерных замен и делеций в последовательностях LTR проведена их классификация и определен эволюционный возраст. Последовательность HERV-K LTR из клона YAC22-19 депонирована в базу данных GenBank.

Публикация данных чернового прочтения последовательности генома человека в 2001 г. позволила сравнить последовательности исследуемых нами HERV-K LTR с базой данных (GenBank) и тем самым подтвердить или уточнить их локализацию, а также установить генетический контекст данных последовательностей. Рассмотрены гены, расположенные на расстоянии до 100 т.п.н. от HERV-K LTR-последовательности. Протяженность 100 т.п.н. представляет собой средний размер упорядоченных петель хроматина, которые, как предполагают ряд авторов, являются независимо регулируемыми функциональными элементами хромосомы. Присутствие HERV-K LTR в этой области может, по-видимому, оказывать влияние на экспрессию генов.

Для HERV-K LTR-последовательность клона YAC22-19 на хромосоме 7 человека имеются две идентичные последовательности — АС079804 (97%) и АС079882 (98%) (GenBank), которые расположены в 7р22 области хромосомы на расстоянии 1 млн. п.н. друг от друга в насыщенных генами участках. Эти данные совпадают с нашими результатами по FISH-картированию. Копии HERV-K LTR из клона YAC22-19 присутствуют также на длинном и коротком плечах хромосомы 3, на 8-й и 11-й хромосомах. Гомология имеется не только в области самого HERV-K LTR элемента, но и в области уникальных фланкирующих HERV-K LTR-последовательностей.

Гомологичная генетическому контексту HERV-K LTR-элемента с фланкирующими последовательностями ДНК клона YAC 22-19 область хромосомы 3 человека (Зр13) включает кластеры OR-генов/псевдогенов — рецепторов обоняния (olfactory receptor genes). Показано, что хромосомы 11, 4, 8, а также область 7р22 хромосомы 7 входят в группу хромосом, среди которых полиморфно распределены кластеры OR генов/псевдогенов. Это позволяет предполагать совместное распространение по геному данного HERV-K LTR-элемента и OR-генов в соответствии с гипотезой о межхромосомных дупликациях и транслокациях больших геномных фрагментов. Фрагмент с последовательностью HERV-K LTR клона YAC22-55, имеет 99%-ную идентичность с областью АС069279 (GenBank) 7pl2.3 хромосомы 7 человека, расположенной на расстоянии 49 млн. п.н. от теломеры короткого плеча этой хромосомы.

YAC22-55 был локализован методом FISH в области 7р14-7р15.1. Некоторое расхождение данных можно объяснить более низким разрешением FISH-метода в проксимальных областях хромосомы. 60 т.п.н. дистальнее рассматриваемого фрагмента с последовательностью HERV-K LTR расположен ген человека HUS1 — гомолог гена husl дрожжей Schizosaccharomyces pombe. Предполагается, что продукты генов HUS1 и RAD1 являются компонентами белкового комплекса, который активируется в ответ на повреждение ДНК. Последовательность HERV-K LTR клона YAC24-13 идентична последовательности АС005091, которая расположена на расстоянии -27,8 млн п.н. от теломеры короткого плеча хромосомы 7, что полностью согласуются с локализацией HERV-K LTR в 7р15.2 области методом FISH.

В соответствии с данными GenBank фрагмент ДНК, содержащий HERV-K LTR, находится в первом интроне гена TAXJBP1 в ориентации, противоположной направлению транскрипции. Белок, кодируемый этим геном, является транскрипционным активатором промотора вируса Т-клеточной лейкемии (HTLV), а также стимулирует экспрессию некоторых клеточных генов. Имеются данные об участии белка TAXIBP1 в апоптозе. Влияние HERV-K LTR-элемента на регуляцию данного гена может происходить, в том числе и на уровне образования антисмысловой РНК.

поднять тиц как поднять тиц поднять тиц бесплатно

Познавательные статьи о генетике:

1) Признаки, передающиеся при бесполом размножении

2) Расстояние между геном и центромерой