Транскрипционная активность фрагментов ДНК PDF Печать E-mail

Одним из показателей функциональной значимости последовательности является ее транскрипционная активность. В литературе имеются данные о транскрипции последовательностей HERV и их длинных концевых повторов в тератокарциномах и некоторых других клетках зародышевого пути, в отличие от нормальных соматических тканей.

Нами была изучена транскрипция трех фрагментов, содержащих HERV-K LTR из YAC-клонов короткого плеча хромосомы 7 человека в клетках ткани нормальной паренхимы яичка и опухолевых клетках этой же ткани - семиномы.

Знание уникальных последовательностей, фланкирующих HERV-K LTR, дало возможность применить метод RT-PCR для анализа транскрипционной активности исследуемых фрагментов. Для каждого фрагмента, содержащего HERV-K LTR, были использованы три пары праймеров: одна -для амплификации последовательностей всего HERV-K LTR содержащего фрагмента, и две пары для амплификации только фланкирующих HERV-K LTR 3- и 5-областей. Материалом исследования (любезно предоставлен Т. Виноградовой) служили три пробы "первых цепей" ДНК, полученных путем обратной транскрипции с тРНК, выделеных из нормальных клеток паренхимы яичка и из клеток семиномы одного и того же пациента (образцы 30N и 30S), а также из клеток семиномы другого пациента (образец 6S).

Транскрипты, которые содержат HERV-K LTR и прилегающие участки, были обнаружены во всех трех образцах: в клетках нормальной паренхимы яичка 30N, семиномы 30S и 6S. Однако в клетках нормальной ткани в отличие от клеток семиномы присутствует дополнительный транскрипт меньшего размера. Появление такого транскрипта можно отнести, по-видимому, за счет сплайсинга, который может быть нарушен в опухолевых клетках.

При определении транскрипции фрагментов, содержащих HERV-K LTR двух других клонов YAC22-55 и YAC24-13, были получены сходные результаты. Транскрипты присутствуют в клетках нормальной паренхимы яичка (30N), но не обнаружены в клетках семиномы того же больного (30S). По-видимому, в случае семиномы 30S развитие опухоли привело к изменению транскрипционной активности данных фрагментов. В клетках другой семиномы 6S обе последовательности транскрибируются, так же как и в клетках нормальной паренхимы яичка. По-видимому, отсутствие экспрессии исследованных LTR-элементов не является общим и обязательным свойством семином. Изменение характера транскрипции может зависеть либо от стадии развития опухоли, либо явиться следствием хромосомных перестроек, которые часто сопровождают злокачественное перерождение клеток.

Таким образом, показана разница в экспрессии трех фрагментов, содержащих HERV-K LTR короткого плеча хромосомы 7 в нормальных и опухолевых клетках зародышевого пути. Вопрос, является ли отсутствие транскрипции в клетках семиномы причиной или следствием развития опухоли, требует дальнейших исследований. Полученные данные свидетельствуют о том, что в трех исследованных фрагментах хромосомы 7 инициация и терминация транскрипции имеет место за пределами последовательности HERV-K LTR-элемента. Следовательно, изученные последовательности одиночных HERV-K LTR не функционируют в качестве промотора или сигнала поли-аденилирования. В то же время не исключено, что данные HERV-K LTR последовательности могут служить промотором для образования антисмысловой РНК (например, в случае HERV-K LTR клона YAC24-13, см. выше), играть роль энхансера или служить участком связывания стероидных гормонов. Значимость LTR в регуляции генов представляет большой интерес и требует дальнейших исследований.

Познавательные статьи о генетике:

1) Сила сцепления генов

2) Контроль за рекомбинацией